HDDM安装问题

Created: June 11, 2023 9:26 AM Last edited by: Pan Wanke Last edited time: June 11, 2023 9:26 AM Owner: Pan Wanke

最近更新

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具体请参考 HDDM安装以及问题汇总 - 知乎 (zhihu.com)

Docker 安装 HDDM

安装的一般流程

来自于 @朱昱豪

HDDM安装完整流程(WIN) 首先，把老版本的包删除干净 #1创建环境 conda create -n py37 python=3.7 conda activate py37 以下步骤均在py37虚拟环境中执行 （你也可以试试直接在你的3.9里执行下面的操作） #2安装PyMC pip install pymc==2.3.8 #3 安装kabuki 和hddm 1)下方链接下载解压 链接：https://pan.baidu.com/s/1KRzcNJaMafkoKEzimKDYRw?pwd=HDDM 提取码：HDDM 2)conda中 cd 到目录 python setup.py install 坑： 1直接pip安装：可以装，但是版本太低，没法用LAN 2 github安装：版本最新，但是网络老有问题解决办法：从github上下载源码code，解压，本地install（已经打包在链接里） #4 安装pytorch(可选，如果要用LAN内容，如HDDMnn，需要这个) pip install torch torchvision -i https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/ 坑：网速太慢 解决办法：换源加速 #5 创建jupyter kernel python -m ipykernel install –user –name 环境名称 –display-name “Python (环境名称)” #6 完成，检验 执行代码： import hddm print(hddm.version())

通过 docker 进行安装

A Hitchhiker’s Guide to Bayesian Hierarchical Drift-Diffusion Modeling with dockerHDDM

pymc问题

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https://github.com/pymc-devs/pymc/issues/428

  • 为解决

对了下午关于pymc的安装，宇航的方法非常好用，conda install pymc==2.3.8在安装过程会自己适配好需要的东西，并且安装成功。不过也确实需要注意numpy的版本问题，这种方法的安装后的numpy会变成1.13版本，导致hddm无法调用一个随机变量的生成函数，需要更新到最新的即可。还有一个就是补充安装下scipy的包，别的都ok啦